Естественнонаучная направленность ориентирована на формирование научного мировоззрения и мышления, освоение методов научного познания мира, а также развитие исследовательских способностей обучающихся, проявляющих интерес к области естественных наук (сфера деятельности «человек-природа» или окружающий мир).

Она реализует потребность человека в классификации и упорядочивании объектов окружающего мира с помощью логических операций.

В рамках данной направленности реализуются программы: «Юный исследователь», «Любители природы», «Зеленая лаборатория», «Функциональная грамотность», «Занимательная математика»,  «Проектно-исследовательская деятельность», направленные на развитие аналитического мышления, навыков проведения экспериментов и глубокого понимания природных процессов.